Câu lạc bộ được thành lập năm 1903.[1] Sau Thế chiến thứ I, đội bóng thi đấu ở Bedford and District League và sau đó chuyển sang North Bucks & District Football League năm 1930.[1] Họ gia nhập Division 2b của South Midlands League năm 1949, và vô địch ngay lần đầu tiên lên thi đấu, lên hạng Division One.[2] Sau đó đội bóng lên chơi ở Premier Division mùa giải 1952–53 khi giành được ngôi vị á quân.[3] Họ thi đấu ở Premier Division đến mùa giải 1955–56 và xuống lại Division One, và ba mùa giải sau đó câu lạc bộ lại xuống chơi ở Bedford and District League.[1][4]

Câu lạc bộ trở lại South Midlands League,mùa giải 1976–77, bắt đầu ở Division One.[4] Họ thi đấu ở đó cho đến hết mùa giải 1995–96, ngoại trừ ba mùa giải từ 1985–86 thì được chơi ở Premier Division.[4] Câu lạc bộ lại rời khỏi South Midlands League năm 1996.[4] Năm 2001 gia nhập Spartan South Midlands Football League Division Two và ba mùa sau được lên chơi ở Division One.[4]

Mùa giải 2009–10 họ được tham dự FA Cup lần đầu tiên, và thất bại trước Crawley Green 3–1 ở vòng Tiền sơ loại.[4]

Cranfield United rút khỏi Spartan South Midlands League cuối mùa giải 2012–13 và thay thế đội bóng dự bị của họ ở Division Two của Bedfordshire County League.Cuối mùa giải 2014-15, đội chính của Cranfield United vô địch Bedfordshire County Football League Division One, và được chơi ở Premiership Division mùa giải 2015-2016.Trong cùng mùa giải đó, đội dự bị cũng giành chức vô địch Bedfordshire League Division Three, và được chơi ở Division Two mùa giải tới.